O NaMoral foi idealizado como um grande jogo, no qual as escolas participantes formam times para cumprir as missões e tarefas propostas. A gamificação é, portanto, um dos fios condutores importantes do projeto.
As rodas de conversa são outra característica marcante, cujo objetivo maior é promover reflexões num sistema horizontal, isto é, “uma proposta de construção e reconstrução da realidade, por meio do ato educativo reflexivo, que acontece tanto por meio da fala e da escuta, quanto por meio da discussão e da participação”.
As missões são o coração do projeto: é por meio delas que os estudantes vivenciam os conceitos discutidos nas rodas, que experimentam o protagonismo nas ações e que constroem, coletivamente, soluções para a escola — além de engajarem toda a comunidade escolar. É também pelo cumprimento das missões que as ações dos estudantes extrapolam os muros da escola e são divulgadas para o mundo externo, por meio das redes sociais e da mídia local.
A metodologia é conduzida por "facilitadores" que podem ser professores/educadores da própria escola ou podem ser profissionais de outras áreas, atuando de forma voluntária. Nos dois casos, há uma capacitação prévia, oferecida pelo MPDFT.